Funkcja gospodarcza owej przestrzeni znalazła odbicie w zlokalizowanych na obszarze Miasta, portu, podzamcza i przedmieściach - spichlerzach, stajniach, folwarkach i browarach.
Te same walory stawały się często przyczyną klęsk i zniszczeń wojennych, szczególnie gwałtownych w czasie wojen szwedzkich, czy wojny północnej. Dalszy rozwój sztuki wojennej spowodował utratę militarnych cech fortyfikacji Miasta i samego Zamku, co zmuszało do poszukiwania nowych funkcji i wyznaczało rozpoczynające się od końca XVIII wieku jego kolejne przebudowy.
Po pierwszym rozbiorze rząd pruski rozpoczął zakrojoną na szeroką skalę rozbiórkę bądź w najlepszym wypadku gruntowną przebudowę większości dawnych zamków krzyżackich. Los ten podzielił też gniewski Zamek. Przeznaczony najpierw na koszary, jednakże niedostosowany zupełnie do tej funkcji znalazł na początku XIX wieku nowe zastosowanie jako spichlerz. W trakcie owej przebudowy dokonano wyburzenia gotyckich sklepień,
w znacznym stopniu zmieniono pierwotny układ wnętrz, zlikwidowano pierwotne otwory okienne we wszystkich elewacjach, tynkując je jednocześnie, zburzono wieżę latrynową - gdanisko, zasypano także fosy wokół zamku i wykuto dodatkowy otwór bramny w skrzydle zachodnim. Kolejna przebudowa Zamku przypadła na lata pięćdziesiąte XIX wieku. Kosztem 133 397 talarów 23 i 1 grosza dokonano częściowej odbudowy Zamku i jego adaptacji na ciężkie pruskie więzienie dla recydywistów. W trakcie tych prac, realizowanych w epoce romantycznego zainteresowania historią, dokonano między innym rekonstrukcji sklepienia kaplicy, przywrócono pierwotny, ostrołukowy kształt kilku otworom okiennym elewacji południowej, poprawiając tym samym znacznie wizerunek Zamku od strony południowej. Odbudowane zostały też dwie narożne wieże.